雄性帝企鹅会接过鸟蛋，负责孵化。它们会将鸟蛋放在脚上，用皮肤覆盖住以保持温暖，这个过程需要持续约两个月（约65天），直到幼鸟孵化出来。在这个过程中，雄性企鹅不断地用身体热量来保持鸟蛋的温度，不会离开鸟蛋，也不会进食。孵化时间长达65天的原因与南极的极端环境有关，包括低温、食物短缺等，这些都使得孵化过程更加艰难。卵孵化至34-35天左右时，幼雏从内部啄破蛋壳，称为破壳。破壳后36-48小时，幼雏出壳。新生小企鹅通常藏在企鹅妈妈白色的肚子下面柔软的褶皮后面，由企鹅夫妇共同照料。
